Tudo no Direito é... depende.
Sim por exemplo quando que para o aperfeiçoamento do estágio é necessário que se obedeça a lei do estágio. Há várias obrigações a serem cumpridas. E dentre elas que haja a interveniência (obrigatória) da instituição de Ensino. Outras, como p. exemplo, o aluno tem que ter seguro obrigatório contra acidentes e verificação do responsável pelo seu acompanhamento no campo de estágio etc.
Não, por exemplo, se for por motivos de inadimplência etc.
Você tem o direito de saber os motivos da negativa. Faça um requerimento com base na lei que telhas o processo administrativo federal e terão 30 dias de prazo para lhe responder. Sabendo dos motivos você poderá vc concordar ou não. Ou ainda concordar e propor um meio de se resolver esta questão e viabilizar o estágio. Caso não concorde procure um advogado, de preferência a um que seja especialista em direito educacional. Boa sorte.